菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。全自動菌落計數儀采用成像分析法實現自動計數，即由成像硬件+分析軟件所組成。
    菌落計數儀的成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能展現培養基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。
    掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，從成像硬件的上解決了菌落目標的亮度不勻問題，但掃描只是平面的效果，不能展現培養基表層和深層的細微菌落，且不能展現菌落顏色等多方面的情況，對于觀察分析而言構成了一定難度。
    菌落計數儀的分析軟件是另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮，市場上的一些產品的軟件功能主要有一下幾個方面：
    圖像處理：圖像調節(灰度圖、負相圖轉換、對比度、RGB分割...)、圖像增強...
    圖像編輯：文字嵌入、圖形嵌入。
    統計功能：菌落智能識別技術（很重要）、區域選擇統計、直徑分類統計、鼠標單擊計數、顏色識別統計、人工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除、粘連菌落分割、菌落形態學分析、多通道分割...
    測量功能：自動分析菌落直徑、面積等測量長度、角度、面積等。
    數據管理：數據自動存儲、查詢、Excel導出報表打印、數據庫權限設置。
    功能：抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿統計、螺旋平皿統計。