浮游植物作為湖泊中的重要生物部落之一，在水產養殖中人們對于浮游植物鑒定情況往往與水域營養水平、污染狀況、資源現狀、生產潛力等的指標和標準息息相關。浮游植物是魚蝦蟹貝類的直接或間接誘餌，維持微生態平衡，促使魚、蝦、蟹、貝類等達到生態防病的目的等等。所以要想水產養殖生態、、無公害，浮游植物鑒定能夠起到非常重要的作用。
浮游植物作為監測水質的指示生物，水質如何與浮游植物的豐富程度和群落組成有密不可分的關系。浮游植物的減少或過度繁殖，都預示著該片水域的水質正趨向惡化。針對浮游植物鑒定報告得出，近年來，我國近海海域浮游植物的群落結構已經發生了較大的變化，主要表現在種類多樣性下降、生物量呈明顯上升趨勢、種類組成結構和優勢種發生明顯更替、優勢種群呈現個體微型化趨勢等。
水產養殖中，不同的養殖模式對水體浮游植物群落具有巨大影響。魚類和貝類的攝食活動是影響浮游植物群落結構的重要因素，它們對浮游植物的影響通常涉及到種群數量、生物量、生物多樣性和個體大小等諸多方面。人工養殖增加了水體和底質中的N、P含量，原有的水化學平衡產生相應改變，從而也對水環境產生影響。在水動力作用下，這種影響還可能擴大到鄰近水域生態系統。
水質污染的直接后果之一，便是浮游植物種類組成的變化。在未受污染的水體中，藻類的種群組成因季節和環境因素的變化而發生變化，但是這種變化一般情況下在一個特定的水體中是有規律的；而在被污染的水體中，隨污染物和污染程度的不同，種群組成的變化則是無規律的，特別是那些對環境變化較敏感、喜低溫、有機質含量低、水體透明度大的藻類，在污染水體中變化明顯。